【柏恒科技小课堂】PCR反应程序优化之疾

“激水之疾，至于漂石者，势也”——《孙子兵法》。说只要速度足够快，石头就能漂在水面。上个月我们聊了一下降低退火变温速率（PCR反应程序优化之缓）对PCR结果的优化，今天换个方向，聊聊如何把PCR反应时长进行压缩。

在聊压缩时长之前，需先对试管（Tube）/模块(Block)控温；普通/快速模式几个概念进行简介。下面以柏恒Q9606为图例进行说明。

图1

模块控温：反应升降温时，以模块的实时温度为准。

试管控温：反应升降温时，以反应管内试剂的实时温度为准。

图2

图3

实验编辑完成后，点击运行按钮会弹出提示框（如图2），选择快速模式还是普通模式。

以图3程序为例说明：

快速模式：仪器运行的升降温速率为8℃/s，标示升降温速率的全额运行实验。

普通模式：仪器运行的升降温速率为4℃/s，标示升降温速率的半额运行实验。

不同的应用场景选择不同的反应模式组合，下面来分享一下如何调试快速试剂的反应程序。

首先，仪器运行设置选择快速模式+模块控温的组合将反应时长进行压缩。其次，在总时长不变的前提下合理分配循环段变性与退火延伸的时长。最后，在其次筛选出可用反应程序的基础上进行微调，再一次缩短反应段的时长或在总时长允许的条件下适当延长反应段的时长以达到最优的反应效果。

因为快速试剂所用的扩增酶相较于普通试剂的酶来说有着更为快速的延伸速度，所以在设置退火延伸段反应时长时可以进行大幅度的压缩。在压缩变性反应时长时须注意，因为选用的是模块控温，如果变性时长过短会造成试剂的实际温度不足95℃或95℃维持时长不够而造成模板的解双链不充分进而影响信号的积累，所以变性反应段的时长不宜过度。

柏恒Q9600系列可提供最快8℃/sec的升降温速率，且具备等温差梯度功能（如图4），满足常规试剂开发、检测的同时也为快速试剂提供了一个很好的反应平台。

图4